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A mutação e a evolução genética do vPRRS podem ocorrer em todos os genes. Ao contrário da ORF5, que representa apenas cerca de 4% do genoma do vPRRS, o NGS pode recuperar todo o genoma do vPRRS para utilização em investigação epidemiológica.
As medidas de controlo da PRRS também reduzem as oportunidades de diferentes vírus no campo se recombinarem e gerarem estirpes mais agressivas.
